（一）预算编制不合理，准确率不高
网络版预算管理系统不熟悉，编制的准确率不高。由于每年7-8月份编制的“一上”预算只填报单位人员信息的《基础资料表》及财政资金的项目支出信息，预算的编制不够全面。与此对应的是每年11-12月份上级主管部门要求编制的“二上”预算，虽然要求全面预测单位下一年的各项收支、结转结余，但由于编制时间短只有几天，加之2018年由单机版改成网络版系统，很多编报人员对系统不够熟悉，又因为部分编报人员能力有限，对单位未来的整体规划信息把握不够，导致部门预算编制的准确率不高。不合理、不准确的预算，势必影响预算执行率的提高。
（二）项目经费下达较晚、预算执行周期较短，科研经费报销“繁”
财政项目资金的实际执行时间，与预算执行率考核按财政年度（当年的1月至12月、日历年度制）不一致。项目资金的下达一般在每年3月份，且大多数科研项目的实施周期一般为2-3年，从项目的立项、招标、投标、政府采购、签订合同等工作，到项目的实际支付，最后项目结束后按照规定要滞留一年的质保金，所有这些程序大部分科研项目无法在资金下达的当年执行完毕。
另外，科研经费报销“繁”普遍存在。在一些科研单位仍然存在着，不合理的、陈旧的、自行“加码”的报销规定，加之最新的国家科研经费管理文件宣传培训不到位，信息化建设未能跟上国家科研经费改革的步伐，科研财务助理聘用和管理不完善，也影响了预算执行率的提高。
（三）预算调剂不顺畅，“供需”矛盾突出
随意调账不合规，实际支出与预算科目之间矛盾突出。与有些项目负责人，在项目周期快结束之际，就忙于通过调账来解决课题剩余经费的问题。但根据《国务院关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》(国发〔2014〕11号)的等有关规定, “不得随意调账变动支出、随意修改记账凭证、以表代账应付财务审计和检查”。这就导致预算得不到及时调剂，部分科目的预算超过实际需求，经费结余；部分科目预算少于实际需求，无法开展正常工作，预算科目资金的“供给”与“需求”不匹配，严重影响了预算的执行进度。
（四）绩效自评只限于文字，绩效目标监控不到位
绩效目标监控薄弱，绩效自评并未真正落实。预算绩效是指预算资金所达到的产出和结果。绩效自评作为预算绩效管理的重要一环，旨在提高财政资金配置的经济性、效率性和效益性。每年的2月末中央科研单位按要求都要对上一年度部门预算中设定的项目总体绩效目标、绩效管理指标进行绩效自评。由于有些单位在财政资金使用过程中绩效目标监控处于薄弱环节，导致绩效自评只限于文字的上报，并未结合单位实际，制定总体方案，真正落实绩效评价的组织管理。这就导致难以解决在预算执行过程中遇到的问题，进而限制了预算执行率的提高。
（五）结题审计后，不重视清理课题
课题结余资金的清理缺乏制度。有些科研单位在项目完成任务目标并通过验收后，因没有建立健全课题清理管理制度，也没有明确课题清理各方职责，导致结余资金既没有在2年内由单位统筹安排用于科研活动的直接支出，也没有在2年期限结束后及时进行清理上报财政部，由财政部收回。这就导致了资金闲散和沉淀浪费，进一步拉低了预算执行率。