（一）关于客观因素的建议
1、上级主管部门应加强预算管理网络版系统的培训、提高编制系统的稳定性。每年应定期组织专门的培训，详细介绍从系统的登录，再到基本支出数据的录入、项目支出“项目调整”模块与“项目新增”模块的区分，最后到数据上报的整个编制流程，使编报人知其然更要知其所以然。为预算编制的合理、准确打下良好的基础，从而有利于预算执行率的提高。
2、我们建议提前下拨项目的预算资金，延长项目预算执行率的考核周期。在“放、管、服”的政策下，项目资金数额在上年“一下”预算已预知，预算信息在上年“二上”编制时已上报，项目资金于每年年初提前下拨有利于各项工作的提前启动。同时大多数财政项目的实施周期一般为2-3年，考核序时进度也应该是按实际实施周期进行考核，这样既有利于确保科研项目的质量，也有利于保障财政资金的安全有效，从而间接上提高了预算执行率的效益。
（二）关于主观因素的建议
1、科研事业单位应提高预算编报人员的选聘条件，重视对其相关知识的培训，要求其参加相关的会议及讲座。在预算编制之前，预算编报人员应充分了解党和国家下发的各项方针政策和文件，并充分理解单位的整体规划。在预算的编制过程中，预算编制人员应结合本单位实际发展的情况及特点，遵循轻重缓急的原则，选择适合本单位的预算编制方法，合理安排好基本与项目预算资金，增加预算的合理性和准确性，从而为预算的执行创造有利的条件[2]。
2、科研事业单位应按照“放、管、服”有关精神，全面梳理内部管理制度、加强宣传与培训、充分发挥科研财务助理和信息化的作用，来破解“报销繁”的问题。首先应树立为科研服务的大局意识，各职能部门协同配合。例如科技部门根据任务书预知项目经费将拨付，可以先行启动立项等工作；财务部门应提前通知项目（课题）组进行政府采购应准备的相关材料。其次应认真广泛听取一线科研人员意见建议，对不符合国家科研经费管理要求的报销制度予以清理，优化管理流程，明确审批职责与权限，减少重复、无效的审批环节。再次应加强科研财务助理的培训，为科研人员提供预算编制和调剂、经费支出、财务决算等专业化服务；最后，应加强信息化、智能化相关建设，切实提高报销的便捷化水平。上述这些措施，将直接推动预算执行率的提高。
3、科研单位应建立健全预算调剂制度，解决“供需”矛盾。从《财政部关于调整国家科技计划和公益性行业经费管理的若干通知》（财教[2011]434号）规定，总预算不变的情况下，材料费、燃料动力费等预算科目可以调增，设备费、劳务费等预算科目可以调减；最近到《中共中央办公厅 国务院办公厅印发关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见的通知》（中办发[2016]50号），下发的预算调剂权限；然后到《国务院关于优化科研管理提升科研绩效若干措施的通知》（国发〔2018〕25号）规定，直接费用中除设备费外，其他科目费用调剂权全部下放给项目承担单位。科研单位应根据国家关于预算调剂管理办法的进程，建立健全相应的预算调剂管理制度，定期组织相关的财务与科研领域的专家进行论证，切实解决科研人员在预算执行过程中的“供需”矛盾的问题，从而有利于预算执行率的提高。
4、科研单位应提高绩效自评水平，加强绩效目标监控能力建设。绩效自评作为全过程预算绩效管理的重要组成部分，要求科研事业单位对照年初根据业务实际和项目管理需求设定的绩效目标及指标，制定总体方案，真正落实绩效评价的组织管理，采取实事求是地进行自我评价，不只限于文字的上报。对未完成绩效目标及指标的原因要逐条进行分析，研究并提出预算执行过程中的具体措施。扎实开展绩效目标监控，查找在预算执行过程中资金使用和业务管理的薄弱环节，及时弥补“漏洞”，纠正偏差。预算绩效自评与监控的紧密结合，是提高预算执行率质量的重要保障。
5、科研单位应建立健全结题结账管理、定期清理结余资金管理制度。科研单位应加强合同和任务书的管理，并明确单位责任部门和工作流程，确保课题从开立、过程管理、到结题的整个管理制度得到严格执行。对于已完成任务并验收通过的财政结余资金，单位应及时进行统筹，2年内用于科研活动的直接支出；对于2年期限已结束的结余资金，根据《财政部关于印发<中央部门结转和结余资金管理办法>的通知》（财预[2016]18号）要求“年度预算执行结束后，中央部门应在45日内完成对结余资金的清理，将清理情况区分国库集中支付结余资金和非国库集中支付结余资金报财政部，财政部收到中央部门报送的结余清理情况后，应在30日内发文收回结余资金”。结余资金的定期清理，将减少预算执行的基数，有利于进一步提高预算执行率。