1.唯识宗的种子
种子的概念与佛教对行和业的区分有关。在佛教用语中，“‘行’的一般解释即无常迁流之义，与‘有为’同义，其概念内容有广狭种种义，如‘诸行无常’的‘行’是最广义，‘五蕴’的‘行蕴’居其次，而‘十二缘起’的‘行’是狭义的，‘思’的‘行’是最狭义。”这是说，世界上的一切事物都是某种条件的结果，从而处於不断地流变之中，事物的这种流变用行来表示。‘业（karman）’，是“作事、作者、作之力之义，佛教认为业有造作义，也有果报义。行亦是如此，行，造作，迁流二义名行。”（《俱舍论颂疏》（卷一））十二因缘的行支（狭义的行），与业同义，是能引起因果报应的身、口、意业。“云何为行，行有三种，谓身行、语行、意行，是名为行”（《缘起论》）。按造作划分，业也分身业、语业、意业。从业的造作义讲，业与行关係可以表述为：过去的行造成现在的业，现在的业又作为行造成未来的业。行更重活动与状态，业重结果或影响。
在唯识宗那里，意业最被强调，身业和语业都离不开意业。意识是现行的根本原因。在对意识（意业）的產生的分析中，唯识宗认为，意识产生的因缘（主要原因、主要条件）是种识，简称种子。按照唯识宗的观点，存在八种识，前五识是眼识、耳识、鼻识、身识、舌识，属于感识。第六识是思维（意识）。前六识是“了别境识”，第七识是末那识（自我意识），第八识是藏识（aalaya阿赖耶识）。前七识皆由第八识转生，譬如第七识妄执第八识阿赖耶识为我（aatmam），产生自我意识。藏识藏有种子（种识），种子是亦称功能，是现意识产生的根本原因，反过来，现意识也可以影响种识的形成。《成唯识论》卷二解释什么是种子：“谓本识中亲生，自果功能差别。”，其中藏有产生心色诸法的功能。
唯识宗内部对是否存在原初的种子存在分歧，玄奘推崇获法的观点为正宗，获法取折衷的意见，认为既存在本有种，又存在新熏种。本有种说明现行意识的形成，现行意识也会对本有种造成影响。也就是说种识与现意识互相影响。
种识是潜在的意识，条件成熟之后產生现意识，现意识產生身业或语业（现行）。种识是能生，现意识是所生。种识產生现意识，现意识也会影响种识的形成。种识与现意识互相作用。在唯识宗那裡，种识、功能都是指造成现行的潜在意识。《成唯识论述记》卷二言：“言本识者，显种所在，简经部师色、心等持种；亲生自果简异熟因， 望所生果非种子故，要望自品能亲生故；功能差别简现行七转识等， 望所生种虽是因缘亦亲生果，是现法故非名功能，故以功能显种子相 。”
2．熊十力：本心的概念
熊十力不同意唯识宗的看法，认为：
“应区分两种转变：一种是指本体和事物之间的转变；另一种是指行为和习气之间的转变。”“唯识宗只看到后一种转变，没有看到前一种转变，并扩大了后一种转变的效用范围，用来取代前一种转变，实际上，事物本身是不可能由人的意念和行为变生出来的，人的行为可以改变事物的位置、形式、结构等，但不能从无中创造它们。事物是本体的转变的结果。诸行无常乃是自然现象，既不能说好，也不能说坏，我们所能做的是适应这种变化，采取积极进取的态度。”习气在这裡指后天的处理事物的习惯，熊十力认为唯识宗只看到意识和行为之间的转变，并将其扩大至一切事物，然而实际上，事物本身不可由意识凭空產生，事物是本体转变的结果。习气是现意识，习心是潜意识。《成唯识论》卷二说 ：“令种生长，故名熏习。”《大乘起信论》云：“熏习义者，如世间衣服实无於香 ，若人以香而熏习故，则有香气。”习心的形成在於，人类的任何行为都会转化成潜在的心理能量在潜意识中储存起来，从而影响人后来的行为习惯。习心与本心的区分与性智、量知的区分有关。唯识宗的文献中，认识称为‘量’，量的原义是“度量”，正如度量外部世界一样，在日常生活中，认识习惯于指向外部事物，“量知”就是这样一种对象化的认识方式，久而久之，在指向外部世界的过程中，我们通过观察、分析、推理认识客观世界，形成了我们习惯的思想态度，因此，熊十力也称这种对象化的思想方式为习心，它是科学的领域。本心即本来的心，对应性智的认识方式，也就是反观自照。习心使人们只注重追求外在物质，忽视了认识主体本身，不能运用自己的本心，思考如何能够认识客体的问题（行→业→习气）。
唯识宗所推崇的原初的种子实际上是‘习心’，而非本心。《瑜伽师地论》卷五二说：“云何略说安立种子？谓於阿赖耶识中，一 切诸法遍计自性妄执习气，是名安立种子。” 习气是‘心所’，习气是意识活动形成的辅助条件（增上缘），而非因缘。在熊十力看来，一切种子都是后生的，不存在原初的种子，他只承认新熏种。并认为佛教认为的潜意识產生现行，造成诸行无常，只道出了部分真相。更重要的是，现实的流转变迁是宇宙本体的作用。本心即是宇宙本体。熊十力的《新唯识论》以此开头：
“今造此论，为欲悟诸究玄学者，令知一切物的本体，非是离自心外的境界，及非知识所行境界，唯是反求实证相应故。”
熊十力认为，“我们内自体认，就知道识的现起，是具有一种内在的自动的力才得现起的。这种自动的力，是找不着它的端绪的，也看不着它的形相的，它好像电光的一闪一闪的，不断的新新而起。这也奇怪啊！我们以为，识的现起，就是具有内在的自动的力，只有把它的本身的自动的力推出来，而假说为因缘。除此以外，无所谓因缘。如果不明乎此，而凭臆意，以为别有所谓种子来作识的因缘，如旧师之说，这固然是极大的错误。即如世俗的见解，把识看做是官体的副产物，又有以外界刺激的反应，来做说明的这等见解，更是迷谬不堪。”
旧师之说是指唯识宗用种子作意识的因缘。此一自动的力是本心发起的。在这裡，熊十力区分了本心和习心，“唯吾人的本心，才是吾身与天地万物所同具的本体，不可认习心作真宰也。”本心即是宇宙本体。
那么为什么说本心是宇宙的本体？熊十力的论证如下：
“首先任何事物不能从无中产生，只能从有种产生。其次事物的产生不能依靠心理的理由，只能依靠一个非心理的理由。非心理的理由只能是内在的，不能是超越的，因为超越的造物主的设想导致自相矛盾和无限回归。所以，本体是内在于世界之中的，是世界上一切事物变化的内在动力和原理。本体与世界的关係是体与用的关係，本体显现为一切事物，一切事物都是本体的功用。最后，通过反省活动，我们体认到本体内在于我们心中，因为我们的心和本体相通，所以本心即是本体。仅管本体内在於一切事物之中，但别的事物不具备人反观自照的能力。”
3．熊十力对佛家本体论的批判
熊十力认为唯识宗关於先有种识还是现意识的问题上，陷入双重本体论。熊十力批判到：“有宗却不然，他们有宗谈依他，既改变空宗遮诠的意义，而持构造论。于是，一方讲宇宙论，要建立多元和生灭不断的种子，来作诸行的因缘（他们种子本身，是生灭灭生，相续不断的。参考《瑜伽》等种子六义。吾著《佛家名相通释》解说详明）。这个种子自然是诸行或宇宙的本体了，另一方又谈真如，只许说是不生灭，或无起作的。这却别是一重本体了。如是二重本体作何关系，有宗也无所说明。真如本身既不可说是生生化化或流行的物事，种子之中如本有法尔有故，不可说是真如现起的，以真如自体无起作故。后来以习气名新熏种，其非真如所显，尤不待言。据此所说，种子自为种子，真如自为真如，此二重本体，既了无干涉，不独与真理不相应，即在逻辑上也确说不通了。”若承认存在原初的种子，宇宙万物都由心识变现，而心识是种子能变的结果，按照唯识宗的观点，这是主张本有种是世界的本体。但唯识又主张真如是世界的本体，在真如和本有种的关系问题上，唯识宗却无明确见解。