随着信息化技术的不断发展，高校教育管理的手段更加新颖，更加符合时代特征。除了将信息化广泛应用在教学科研领域外，高校还将信息化运用在团组织、学生会、社团工作等中，我们欣喜地看到，国内高校的党办也开始运用信息化技术对新时代党建工作的开展做了一些探究和摸索。随着网络新媒体应用的不断发展，新媒体技术对高校党建工作的开展起到了积极作用，各个高校都普遍用来拓展党建工作的思路和方法，并建立了相对完整、覆盖面广泛的网络党建工作平台，成为信息化建设在高校运用中的一个重要方面。但受制于高校重教学科研思想的影响，高校对党建工作的投入力度还不够大，特别是信息化应用方面还存在着较多难以一时解决的困境。
1.基础性投入不足仍是高校党建信息化发展的首要问题
通常谈到基础性投入，往往会想到物质基础的投入，然而当前各大高校在党建工作信息更为重要的却是技术性投入。目前，国内各高校均将党建工作信息化作为高校工作的重点内容，但对如何做好党建信息化工作却在整体上缺乏统一规划、统筹。就高校个体而言，每个高校均有自身党建工作的步骤安排，然而就国内高校党建工作整体布局来讲，每一高校的自身规划之间缺乏有效沟通、交流，各自为战现象突出。另一方面，高校党建工作信息化过多的表现在外观形式上的技术化，党建网站数量多，技术含量却不高，缺乏真正能够满足高校师生需求的功能设置。信息化带来的便利性较好的得到体现，但参与性、交互性等新媒体表现出来的突出优势却没有得到很好的体现，业已建成的党建工作网站多数还仅仅表现为教育内容的单向传输，只不过将书面的、口头的教育管理形式依托于网络而已。这些问题不仅仅是资金投入就能够解决的，需要适应时代需求的操作平台和技术支持，将国内高校党建资源优化整合，发挥出最大效能。
2.人才匮乏是制约高校党建信息化发展的根本问题
随着网络时代的到来，海量、复杂的信息数据充斥着网络世界，各种运用数据信息建立起来的工作均需要对这些信息进行采集、分析、处理。信息化建设的需要对高校管理人员提出了新的能力要求，在信息化技术助力教学科研的同时，从事党建工作人员的信息化运用水平也有一定程度的提升。现实工作中，这些人员往往具备了一定的计算机运用能力，但这些仅仅只是信息化工作的基础性能力，要满足高校党建工作在新媒体时代下的发展需要，显然是不够的。首先，高校人员众多，党建工作基数不同于一般企事业单位；其次，高校人员流动巨大，党员关系的频繁变化为工作人员带来极大的工作压力，即熟悉党建工作又对信息化技术有较深研究的人才缺乏，因此还需要加大在人才培养上的投入力度，加深高校党建工作人员的综合素质。
3.形式、内容创新不足是高校党建工作信息化的外在表现
基于高校管理人员整体的高素质，无论工作能力还是工作意识都普遍较高，然而信息化工作并非仅仅依靠工作人员的学历，更重要是的是求新求变。据统计，目前国内超过九成的高校建立了专门的党建工作网络，有关信息的发布、更新、统计等工作基本实现了计算机全覆盖，党建宣传、报道、教育等活动也实现了网络化。然而这些功能仅仅是信息化运用的低级、初始阶段，相对于网络时代广大师生对党建工作创新发展的巨大需求而言，这些基本功能是远远不够的，同时这也与网络新媒体快速发展的步伐不相符。众所周知，网络新媒体呈现爆发式的发展，更新速度相当快速，网络应用层出不穷，新技术的普及几乎不再需要时间，在这样的环境下，高校党建工作信息化还固守点对面的广播式建设模式，明显已经滞后于信息化技术的发展。