生态文明建设是我国“五位一体”总体布局的一个重要组成部分。2017年中央农村工作会议和2018年中央“一号文件”均指出要走乡村绿色发展之路。英国经济学家大卫·皮尔斯早在1996年就提出，绿色发展不仅关注经济效益，更要关注生态环境的容量和资源的承载力。尽管绿色发展已成为长江经济带经济发展的主基调，但是长江经济带农业绿色发展方面还存在一些明显的不足，以下四方面应引起高度的重视。
（一）以宏观战略为主，忽视了系统性支持性政策蓝图设计
2014年9月，国家制定的长江经济带发展战略明确将长江经济带作为新一轮新区域开放开发战略的三大区域之一，将其建设成为具有全球影响力的流域经济带、沿江全面推进的开放带、生态文明建设的先行示范带。2017年10月，中央和国务院发布的《关于创新体制机制推进农业绿色发展的意见》，全面部署了农业绿色发展工作。长江经济带生态文明建设的一个重要内容就是农业绿色发展，然而事实上忽视了关于长江经济带农业绿色发展的系统支持性政策蓝图的设计。
我国农业绿色支持政策主要有：2000年实施的退耕还林计划；2004年开始实施的退牧还草政策、大型灌区连续配套施工与节水改造政策；2006试行的提高土壤有机质水平补贴继而于2010年推出的水土保持及土壤保持支持计划；2010年开始实施的土地整理、农业资源保护政策；2011年推出的草原生态保护奖励政策；2015年实施的《到2020年化肥使用量零增长行动方案》、《到2020年农药使用量零增长行动方案》等。这些支持政策，尽管涉及到水、土等核心农业资源以及农业生产方式的绿色化，但显得十分零散，系统性和功能性不强。
（二）对农业绿色战略的长期性和困难性估计不足，缺乏前瞻性规划
国家高度重视长江经济带生态环境保护，2017年7月环境保护部、发展改革委、水利部联合印发了《长江经济带生态环境保护规划》，强调大气、水、土壤综合治理，重点解决局部区域大气污染、土壤污染等问题，补齐农村环保短板[5]。尽管此规划明确提出严格控制农业面源污染，要求到2020年，主要农作物化肥、农药施用量实现零增长，化肥利用率提高到40%以上等具体目标，但是规划对长江经济带农业生态环境修复和保护的长期性和困难性分析、估计不足，篇幅过短，且缺乏前瞻性的长江经济带水土气生态一体化修复与保护的重要论述，分阶段目标并不明确。
（三）对微观生产者基础重视不够，低估了生产者的作用
《长江经济带生态环境保护规划》强调沿江11个省（市）人民政府是规划实施主体，要求各省编制具体的实施方案，加大实施力度，严格落实生态损害责任追究制度。综观该规划，并没有专门针对农业微观生产者的只言片语，对生产者的重视程度不够。
众所周知，农业生产者（包括农户、新型经营主体）等才是农业绿色化的真正主体，它们的认知水平和决策行为决定了在生产中农药、化肥及农膜的使用量、畜牧养殖污水的处理方式、秸秆的处理方式，以及是否采用绿色农业技术，发展循环农业、生态农业等。农业生产者的上述行为选择将直接影响长江经济带农业绿色化的进程。
（四）省域农业绿色发展差异大，协同推进困难
虽然长江经济带的11个省（市）在“十三五”规划中均涉及农业绿色发展，但是并没有关于长江经济带农业绿色发展的专项战略规划。依托长江“黄金水道”，长江经济带11个省（市）农业绿色发展有着良好的基础和合作条件，但也存在一些阻碍农业绿色协同发展的不利因素，协同推进困难。第一，长江经济带各省（市）以行政边界为界限，被划分为多个相对独立的农业子市场，制约着经济带农业绿色经济协调发展；第二，农业发达程度省域两极化差异明显。经济带内既有条件落后的传统农业，也有经济发达的现代农业，省域间农业绿色化进程也不一；第三，长江经济带农业生态环境质量省域差距较大，且存在非均衡态势，部分省（市）的农业生态环境质量有较大的提升空间，农业生态环境修复工作任重道远；第四，长江经济带内区域农业基础设施不完善，农业绿色技术服务供应不均，造成农业绿色协同发展困难。