（一）功能定位不清晰
在运用全面预算管理工具之前，没有清晰定位通过运用预算而达到的目的和效果，在全面预算对战略分解的过程以及与其他管理工具叠加融合的过程中无法划清边界，将本不该由预算承担的责任和风险归结于预算管理的问题，使预算管理的必要性遭到怀疑。
另外还存在过分夸大预算功能，认为预算是一种十分先进的管理工具，无所不能，在管理中强化预算的功能与考核，弱化企业经营，使预算成为企业经营的绊脚石，从而导致预算失败。
（二）战略目标不明确
实践中企业已普遍认同应该以战略为导向和起点编制预算，没有战略导向，预算就失去了方向，没有预算的支撑战略将成为空洞的形式主义战略。战略目标的科学性、合理性以及可分解性影响着预算管理的整个过程。然而，企业管理水平的差异导致预算的制定水平参差不齐，影响了预算功能的发挥，部分企业让预算成为战略失败的“背锅侠”。
（三）过分强调考核导向型预算
为了保证预算的顺利执行，过度利用预算考核工具，通过预算过程执行控制、无预算进行调整以及预算执行偏差考核等方式保证预算的刚性执行。对环境及政策反应敏感的企业，为了规避预算的考核，无法对环境及政策变化做出快速反应，进而丧失投资机会。
在考核中选取的指标不合理，不是从战略分解的角度选择指标，而过分强调控制，为了考核而考核，失去了预算管理本身的意义。
（四）信息系统落后
随着大数据、云计算、智能化等科技的发展，企业必须建立一套适合本企业发展战略和发展阶段的智能化信息系统，简化审批流程，提高工作效率，通过信息化替代一些低效重复性劳动。实现预算系统及其他管理系统的有效衔接及数据共享，为管理决策提供信息保障。
（五）缺乏协同意识
缺乏财务业务协同、业务业务协同意识，各预算单位各自为政，争夺企业资源，财务人员不懂业务，各业务单元之间边界过于清晰。缺乏系统管理思维。