叙事学中，小说分为故事层面和叙述层面。《迷失开心馆》在故事层面和叙事层面的反常规和越界是小说晦涩难懂的主要原因。
故事层面的“叛逆”
正如小说中所提，传统的故事叙事一般有一个模式：有开头说明、冲突介绍、冲突的深化、发展（上升情节）、高潮及结束。但是这个小说中故事篇幅不多，且将近三分之一的篇幅描述去海边的旅途中发生的事情以及路上所玩的游戏。接着又描写他们在游泳池旁边的嬉戏以及Peter跳水的过程。在快接近故事的结尾时才讲他们要买票进去开心馆，然后主人公迷失在里面。这个故事不是一个起因、发展、高潮、结束的小说结构。
另外在点篇幅不多的“故事”层面，故事也是支离破碎的，让读者理不出头绪。传统的故事是按线性的时间发展进行陈述的。但《迷失开心馆》中的故事似乎总是接不上。在到达目的地之后，他们决定去游泳，在游泳池Peter跳水，Ambrose赞美Peter跳得好，心里却在想着Magdag。接下来故事没有延续，写在开心馆中Ambrose迷了路，以及他的所遇所思。两段之后，他又与家人在一起，用手电筒去火柴盒的封面。两段之后，又继续Ambrose在开心馆里面的遭遇：在满是灰尘的走廊里，从缝隙里看见一位老人操作员。接着又是开心馆外面和里面的来回描写。最后写到Ambrose鼓起勇气邀请Magdag一起穿过开心屋。才回到一个线性的故事中来。在开心屋的经历不断地被拆解，被插进故事中，使得故事破碎。小说的结构抛弃了传统的故事框架，以“不合理”的结构超出读者的阅读期待。
叙述层次的“越界”
热奈特认为小说叙事讲述的任何事件都处于一个故事层，下面紧接着产生该叙事的叙述行为所处的故事层。第一层叙事是故事外叙事，也称框架叙事或故事外层，它引发另一个层次，也就是故事层或嵌入叙事，故事层中的其它层次为元叙事层。一般来说，各个层次的转移伴有标识，但是《迷失》在叙事层次上相互交杂，极为混乱，各个层次的转移也没有任何标识，给读者带来阅读困扰。
该小说有一个隐含叙述者，以第三人称的角度讲述主人公随家人、朋友一起去海边城市度假，然后迷失在开心馆的故事。但是这个故事层在文本中有一个并列的层次，这一层次作者跳出来对小说创作本身的自我指涉，讨论小说创作中的斜体、大小写、外貌描写、修辞手法、象征、传统的故事结构模式，也有对该故事的进程的评论。故事的两个层次并行前进，但是这两个层次的转换并没有明显的指示词，比如在故事的第一段中，交代完了主人公一家要在美国独立日去海边度假，立即说“一条下划线等同于书面文字中的斜体，而斜体则又等同于口语中对词语的强调，或者完整作品中标题的惯常形式。” 两个完全不同的叙述并置在一起。
但小说的层次混乱并不止于此，还在于各个层次的乱入。一般说来，作者、叙事者、主人公是处于小说的三个不同层次。作者处于文本外，叙事者入于文本内、故事外，而主人公作为故事的主角处于故事内。但是小说中作者进入叙事者的层次，主人公又进入作者的层次，导致对这三者难以区分。
“如果Ambrose操作吉普赛算命机话可以预示故事的高潮……如果一个人独自居住，他可把商场里里有活动关节的人体模特带回家，然后以某种方式重摆。”游戏机是放在开心馆的，属于故事层次的叙述，“预测故事的高潮”则是作者对故事创作的理解，在这里作者和叙事者混在了一起。这种混杂的叙事方式在后半部分不断出现。
在Ambrose迷路的途中他睡了一小会儿，似乎是在梦中有一些这样的思绪：“是不是又黑又旧的墙上电风扇像蜜蜂一样嗡嗡在响，晃动着两条赶蝇带？这个开心屋的管理员在梦中呓语了吗？他和善、有些悲伤和疲惫的，跟Ambrose死去的Uncle Konrad的相片有点像。真的有一个像Ambrose这样的真人吗？还是他只是作者想象出来的？ 这个小说还有事实上的错误吗？”这里一系列的疑问是谁提出来的呢？第一和第二个问句是叙述者转述主人公的内心活动，但是后面三个问句又不可能是主人公的内心活动，因为这三个问句是在对作品中的主人公以及作品的叙述的细节真实性的疑问，这该是作者的思考，但是他又通过叙述者出现在了主人公的内心世界里，这样三个叙事层次整合在一起，无法区分。