2021年10月25—28日，中国农业期刊学术年会在河南郑州成功举办，会上发布了2021年度中国农业期刊行业评优结果并颁发了荣誉证书。《南京农业大学学报》荣获“2021年度中国农业期刊领军期刊”。
《南京农业大学学报》多年来荣获第二届国家期刊奖百种重点期刊、中国国际影响力优秀学术期刊、江苏省新闻出版政府奖•报刊奖、江苏省十强科技期刊、百种中国杰出学术期刊（荣获8届）、中国精品科技期刊、江苏省双十佳期刊、中国高校精品科技期刊（连续获得5届）、中国科技论文在线优秀期刊一等奖（连续获得9届）等政府或者期刊评价机构的重要奖项50余项。